Начиная с версии 5.6.6 настройка innodb_file_per_table включена по умолчанию.

О том как конвертировать существующую базу данных (и для чего это) — хорошо описано в статье

Читайте еще:

• Конвертируем MyISAM в InnoDB
• MySQL. InnoDB. COUNT.
• MySQL WorkBench обновился
• СУБД-шечка #1
• MyISAM. Writes.