Начиная с версии 5.6.6 настройка innodb_file_per_table включена по умолчанию.
О том как конвертировать существующую базу данных (и для чего это) — хорошо описано в статье
Привет!
Погружаешься в разработку ? Ищешь ментора ?
Поделюсь своими знаниями и опытом - https://opeykin.ru/mentor/