Для того что бы в Netbeans было доступно автодополнение кода (у меня приложение yii вынесено в отдельый проект), необходимо в Include Path проекта добавить путь к каталогу yii. Из контекстного меню проекта выбираем Properties, переходим на пункт Php include path, нажимаем add folder и указываем каталог с фреймворком.
Вот и все!