Начиная с версии 5.6.6 настройка innodb_file_per_table включена по умолчанию.
О том как конвертировать существующую базу данных (и для чего это) — хорошо описано в статье
Архив за месяц: Февраль 2017
Про Битрикс и MVP
Битрикса в мировом масштабе не существует. Опенсорс рулит и бибикает, но, разумеется один продукт другому рознь, как и в платных коробках, впрочем.
А вот MVP это как-раз Битрикс. Накупил модулей и вперёд. Когда придёт время тонкой настройки, придёт и время перехода на гибкую платформу с вменяемой архитектурой.